2014年获批药学硕士专业学位授权点，下设临床药学、药品检验与质量控制、制药工程三个方向，2015年开始招生。

培养目标：立足云南省、面向西南地区、放眼全国，培养具有良好职业道德，注重学科交叉，具有运用专业知识分析与解决实际问题能力，能够胜任在药物技术转化、生产、使用、流通、监管、服务等诸多应用领域的复合型、高层次、应用型药学人才。

研究方向：

1.临床药学：是运用现代药学知识，结合临床，以患者为对象，研究药品及其制剂与机体相互作用和应用规律的综合性药学分支学科，旨在用客观科学的指标来研究患者的合理用药。其核心问题是最大限度地发挥药品的临床疗效，确保患者的合理用药。

2.药品检验与质量控制：主要学习药品质量检验的基本知识，药品质量标准的内容及其制订，为从事药品质量检验和新药的研究开发工作奠定基础。该方向主要运用物理学、化学、生物化学的方法与技术研究、解决化学结构已经明确的合成药物或天然药物及其制剂的质量控制问题，也研究中药及其制剂和生化制剂的质量控制方法，并深入到生物体内过程进行综合评价的动态分析研究。

3.制药工程：主要研究解决药品生产过程中的技术问题及质量管理问题，探索药品制备实现工业生产的工程技术，包括新技术、新工艺、新设备的研究开发和质量控制及优化。